生 命 情 報 科 学 研 究 室
明治大学 理工学部 電気電子生命学科 生命理工学専攻
Lifescience Informatics Lab., Meiji Univ.
研究成果 (2007~ のみ)
Books
『膜タンパク質工学ハンドブック (第2編5節 膜タンパク質を対象としたアミノ酸配列解析とその応用, 分担執筆: 越中谷 賢治, 向井 有理, 園山正史)』津本浩平・浜窪隆雄 監修, 2020, NTS.
『バイオインフォマティクス入門 (第1章 生命科学 編集: 向井 有理, 分担執筆: 向井 有理, 越中谷 賢治, 濱田 康太)』日本バイオインフォマティクス学会編, 2015, 慶應義塾大学出版会.
Journal Publications
寳保 和尚, 楠 耕希, 井出 光希, 上田 果歩, 市井 悠葵, 亀卦川 樹, 久保田 信, 向井 有理 (2018) 神奈川県葉山港で採集されたニホンベニクラゲ（ヒドロ虫綱，花クラゲ目）の未成熟クラゲ, 日本生物地理学会会報, 73, 205-209.
Tatsuki Kikegawa, Takuya Yamaguchi, Ryohei Nambu, Kenji Etchuya, Masami Ikeda, Yuri Mukai (2018) Signal-anchor sequences are an essential factor for the Golgi-plasma membrane localization of type II membrane proteins, Biosci. Biotech. Biochem., 82, 10, 1708-1714.
亀卦川 樹, 北田 洋平, 向井 有理, 越中谷 賢治, 久保田 信 (2018) ニホンベニクラゲ（ヒドロ虫綱，花クラゲ目）『若返り』現象の誘導, 日本生物地理学会会報, 72, 266-270.
Tatsuki Kikegawa, Kenji Etchuya, Yuri Mukai (2018) Neural network-based discrimination of Golgi type II membrane proteins with better accuracy, Int. J. Pharm. Med. Biol. Sci., 7, 1, 16-19.
Yuri Mukai, Daiki Takahashi, Keiya Inoue, Hiromu Sugita, Tatsuki Kikegawa, Kenji Etchuya (2016) Secondary structure of GPI attachment signal region monitored by circular dichroism, Chem. Lett., 45, 10, 1153-1155.
Yuri Mukai, Daiki Takahashi, Tsubasa Ogawa, Kota Hamada, Kenji Etchuya (2016) Study of molecular recognition mechanism in protein GPI modification: a bioinformatics analysis of interaction between GPI-anchored proteins and modification enzyme, J. Biomech. Sci. Eng., 11, 15-00361, 1-7.
Kenji Etchuya, Yuri Mukai (2015) Structural characteristics around O-glycosylation sites in mammalian proteins, J. Biomech. Sci. Eng., 10, 14-00249, 1-6.
Noritaka Kato, Takanori Sasaki, Yuri Mukai (2015) Partially induced transition from solid substrates, Biochim. Biophys. Acta., 1848, 4, 967-975.
Kenji Etchuya, Ryohei Nambu, Yuri Mukai (2013) Discrimination of xylose O-glycosylation sites in mammalian proteins, Chem. Lett., 42, 9, 1043-1045.
Kenji Etchuya, Yuri Mukai (2013) Sugar type discrimination in O-glycosylation based on protein primary sequences, J. Biomech. Sci. Eng., 8, 3, 225-232.
Yuri Mukai, Masami Ikeda, Hirotaka Tanaka, Tatsuya Konishi, Osamu Oura, Takanori Sasaki (2013) Discrimination of mammalian GPI-anchored proteins by their hydropathy and amino acid propensities, Biosci. Biotech. Biochem., 77, 3, 526-533.
Yuri Mukai, Keitaro Machino, Kenji Etchuya, Hirotaka Tanaka, Takanori Sasaki (2013) Correlation between Proline-Proline/hydroxy-Proline in collagen proteins and the moisture content of the stratum corneum after oral ingestion, Int. J. Appl. Bioeng., 7, 1, 71-75.
Yuri Mukai, Takanori Sasaki (2012) Structural change and stability of solubilized bacteriorhodopsin, Int. J. Appl. Bioeng., 6, 2, 59-65.
Noritaka Kato, Tomohiro Kawamata, Takanori Sasaki, Yuri Mukai (2012) pH-dependent interaction between membrane and histidine-containing peptides, Chem. Lett., 41, 10, 1193-1195.
Ken Togashi, Takumi Iizuka, Shin Yanagiya, Noritaka Kato, Takanori Sasaki, Yuri Mukai (2012) Vertically oriented α-helical peptides in Langmuir-Blodgett films, J. Surf. Sci. Nanotech., 110, 379-387.
Takanori Sasaki, Abdul Razak Nur Wahida, Noritaka Kato, Yuri Mukai (2012) Characteristics of halorhodopsin-bacterioruberin complex from Natronomonas pharaonis membrane in the solubilized system, Biochemistry, 51, 2785-2794.
Yuri Mukai, Hirotaka Tanaka, Masao Yoshizawa, Osamu Oura, Takanori Sasaki, Masami Ikeda (2012) A computational identification method for GPI-anchored proteins by artificial neural network, Curr. Bioinform., 7, 125-131.
Ken Togashi, Takumi Iizuka, Noritaka Kato, Takanori Sasaki, Yuri Mukai (2012) Fabrication of langmuir-blodgett films using amphiphilic peptides, J. Nanosci. Nanotech., 12, 567-572.
Takanori Sasaki, Makoto Demura, Noritaka Kato, Yuri Mukai (2011) Sensitive detection of protein-lipid interaction change on bacteriorhodopsin using dodecyl beta-D-maltoside, Biochemistry, 50, 2283-2290.
Yuri Mukai, Masao Yoshizawa, Takanori Sasaki, Masami Ikeda, Kentaro Tomii, Takatsugu Hirokawa, Makiko Suwa (2011) Discrimination of golgi type II membrane proteins based on their hydropathy profiles and the amino acid propensities of their transmembrane regions, Biosci. Biotech. Biochem., 75, 1, 82-88.
Yukimitsu Yabuki, Masami Ikeda, Yuri Mukai-Ikeda, Yoshihisa Ishida (2009) Development of prediction method for GPCR - G-protein coupling selectivity using amino acid properties, The Open Struct. Biol. J., 3, 149-158.
Genome Information Integration Project And H-Invitational 2 (including Yuri Mukai) (2008) The H-Invitational Database (H-InvDB), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts, Nucl. Acid. Res., 36, 793-799.
Yuri Mukai, Takatsugu Hirokawa, Kentaro Tomii, Kiyoshi Asai, Yutaka Akiyama, Makiko Suwa (2007) Identification of glycosyltransferases focusing on Golgi transmembrane region, Trend. Glycosci. Glycotech., 19, 105, 41-47.
Patents
位置特異的スコアの算出装置、算出方法及びプログラム、GPIアンカー修飾部位の特定装置、特定方法及びプログラム、並びにGPIアンカー修飾部位の判定装置、判定方法及びプログラム（特許第5991524号）
GPIアンカー型タンパク質の判定装置、判定方法及び判定プログラム（特許第5773406号）
GPIアンカー型タンパク質の判定装置、判定方法及び判定プログラム（特許第4608698号）
立体構造データ帰属方法、立体構造データ帰属プログラム及び立体構造データ帰属装置（特許第5433894号）
Research funding
2024年4月～2027年3月 科学研究費補助金 基盤研究 (C), 「II型膜タンパク質細胞内局在経路における折り返し地点・最終局在位置決定要因の解明」, 研究代表者：池田 有理, 研究分担者：越中谷 賢治, 3,400千円.
2018年4月～2023年3月 科学研究費補助金 基盤研究 (C), 「膜タンパク質の段階的な細胞内局在化機構の解明と細胞内局在化経路予測法の確立」, 研究代表者：池田 有理, 研究分担者：越中谷 賢治, 4,420千円.
2018年4月～2021年3月 東北大学流体科学研究所 一般公募共同研究,「II型膜貫通タンパク質の細胞内局在化におけるシグナルアンカー領域の役割」, 研究代表者：池田 有理.
2017年11月～2018年3月 公益財団法人農芸化学研究奨励会 第45回研究奨励金, 「不老不死生物ベニクラゲに存在するヒトがん細胞の細胞死・細胞分化誘導タンパク質の網羅的発見」, 研究代表者：池田 有理, 500千円.
2015年4月～2017年3月 科学研究費補助金 特別研究員奨励費 (日本学術振興会特別研究員 DC2), 「タンパク質糖鎖修飾位置周辺の立体空間を対象とした糖種判別法の開発」, 研究代表者：越中谷 賢治, 1,990千円.
2014年4月～2017年3月 科学研究費補助金 基盤研究 (C), 「糖の種類を考慮したタンパク質の糖鎖修飾予測法の開発およびデータベース構築」, 研究代表者：池田 有理, 3,770千円.
2014年4月～2017年3月 東北大学流体科学研究所 一般公募共同研究,「タンパク質のシグナル配列の物理化学的性質と細胞内小器官への輸送に関する研究」, 研究代表者：池田 有理.
2014年4月～2015年3月 東北大学流体科学研究所 萌芽公募共同研究,「タンパク質の糖鎖修飾における糖転移酵素の空間的認識に関する研究」, 研究代表者：池田 有理.
2012年4月～2014年3月 科学研究費補助金 若手研究 (B), 「位置特異的スコアおよび機械学習を用いたGPI修飾タンパク質予測とデータベース構築」, 研究代表者：池田 有理, 2,340千円.
2009年4月～2010年3月 JSTシーズ発掘試験 A 発掘型, 「糖脂質修飾予測とGPIアンカー型タンパク質データベースの構築」, 研究代表者：池田 有理, 2,000千円.